En 1629 una incursión nocturna de 60 soldados al mando del capitán Alonso Serrano logró superar la primera barrera (una estacada de madera) del fuerte, matar a los soldados de los puestos de guardia y quemar el recinto. El ataque tuvo cobertura de artillería por parte de unos cañones españoles dispuestos en las cercanías del fuerte. Los holandeses tuvieron que salir del interior del fuerte para frenar el ataque, entre los soldados españoles destacamos a Antonio Pérez, al ser el primero en entrar en el recinto y llegar a alcanzar el tercer puesto de vigilancia.

Hubo muertos en ambos bandos (entre ellos un español apodado «pajarillo», que tras ser abatido por un arcabuzazo, fue decapitado y su cabeza puesta en la muralla para que pudiera ser vista por los españoles).

El último enfrentamiento militar entre españoles y holandeses en las Molucas se dio el 18 de julio de 1649, año y medio después de la firma de la Paz de Muster en Europa, y seis meses con retraso de su supuesta aplicación en Asia.

Pedro Fernández del Rio, gobernador de las Molucas, después de recibir los refuerzos desde Manila, queriendo anticiparse a lo que él pensaba un ataque enemigo, ordenó al sargento mayor, Martín Sánchez de la Cuesta, que junto a 150 españoles acompañara a la fuerza de 500 soldados que el sultán de Tidore, Cachil Zayde, había reclutado entre los locales de las Molucas.

Desde el fuerte Malayo se ordenó responder 300 ternates respaldados por 124 soldados holandeses. (el sultán de Tidore los cifra en 500 ternates más 200 mindanaos).

Después de una hora de combate en los exteriores del fuerte, tras sufrir 18 bajas, entre ellas la del capitán holandés, se ordenó la retirada dejando a la escuadra hispano-tidore como dueña de los exteriores de Malayo.

Tras casi cinco décadas de combates hispano-holandés en las Molucas, este combate cerró el ciclo bélico de los europeos en las islas. Esta última batalla además se hizo al modo local, combatiendo cuerpo a cuerpo, secundado los deseos de sus tradicionales aliados.