Desde el establecimiento en Manado los españoles pudieron acceder a los territorios del interior de Sulawesi. Durante casi todo el siglo XVII pequeñas expediciones españolas compuestas de soldados y religiosos visitaron y residieron temporalmente en algunas de sus poblaciones. Fue una tarea difícil. A diferencia de Ternate o Tidore, el norte de Sulawesi estaba lejos de conformar una unidad política con un poder centralizado. El territorio se componía de diferentes poblaciones (cada una controlaba el pequeño territorio que rodeaba su poblado principal) en continuo estado de guerra. Los españoles se sorprendieron de la violencia de los enfrentamientos con la vigencia de la tradición local de la decapitación del enemigo como principal trofeo de guerra (la cabeza enemiga como elemento de prestigio era colocada en el dintel de la puerta de la casa).

No obstante la necesidad de alimenticia de las Molucas obligaba a explorar soluciones en el norte de Sulawesi: los campos de arroz presentes en esta región fueron el principal atractivo de los europeos. Cada soldado español de los fuertes de las Molucas debía recibir una ración mensual de arroz que, aunque en su mayor parte era traído de la isla de Panay en Filipinas por medio del Socorro del Maluco, siempre era completado con el arroz traído de Sulawesi.

En el plano religioso, jesuitas y franciscanos procedentes de Ternate visitaron y se establecieron en la región, fundando iglesias y siendo objeto de martirio como los franciscanos. Al ser una región donde todavía no se había impuesto el islam (sus poblaciones conocidas por los españoles como alifuros conservaban sus tradiciones animistas) ofrecía nuevas oportunidades a los misioneros llegados a las Molucas.